== Primera eliminatoria (31 agosto 2016, partido único)
Racing de Ferrol - Zamora CF
CD Boiro - CD Guijuelo
Caudal Deportivo - Burgos CF
CA Cirbonero - SD Ponferradina
CD Laredo - Cultural Deportivo Leonesa
Barakaldo CF - SD Zamudio
CD Calahorra - UD Logroñés
CD Toledo - UB Conquense
Sestao River - UD Villa de Santa Brígida
SD Amorebieta - UD Socuéllamos
Albacete Balompié - Real Unión
Atlético Saguntino - SD Formentera
Lleida Esportiu - AE Prat
Andorra CF - Hércules CF
Extremadura UD - Atlético Mancha Real
CF Lorca - La Hoya de Lorca
Atlético Sanluqueño - Real Murcia
UD Cornellá - UD San Sebastián de los Reyes.
- Exentos: Arenas Club, Alcoyano, Real Racing Club de Santander, CD Tudelano, Cartagena, Llagostera-Costa Brava.
== Segunda eliminatoria (vencedores de 18 duelos primera eliminatoria, más seis equipos exentos, más los clubes de Segunda división. El 7 septiembre 2016, a partido único).
- vencedor del Albacete Balompié-Real Unión se enfrentará al Arenas Club de Getxo.
- vencedor del Caudal Deportivo-Burgos contra el vencedor del Lleida Esportiu Terraferma-AE Prat.
- Cartagena contra el vencedor del Andorra-Hércules.
- vencedor del Barakaldo-Zamudio contra el vencedor del Amorebieta-Socuéllamos.
- Tudelano contra el vencedor del Atlético Sanluqueño-Real Murcia.
- vencedor del Racing de Ferrol-Zamora contra el vencedor del Cirbonero-Ponferradina.
- vencedor del Boiro-Guijuelo contra el vencedor del Sestao-Villa Santa Brígida.
- vencedor del Atlético Saguntino-Formentera contra el vencedor del CF Lorca-La Hoya de Lorca.
- vencedor del Toledo-Conquense contra el Alcoyano.
- vencedor del Cornellá-San Sebastián de los Reyes contra el vencedor del Extremadura-Atlético Mancha Real.
- vencedor del Laredo-Leonesa contra el vencedor del Calahorra-Logroñés.
Racing de Santander-UE Llagostera
Real Zaragoza - Real Valladolid
UCAM de Murcia - Real Oviedo
Nástic de Tarragona - CD Numancia
CD Mirandés - Elche CF
CD Lugo - CD Tenerife
Cádiz CF - Levante UD
SD Huesca - Girona FC
UD Almería - Rayo Vallecano
AD Alcorcón - Getafe CF
RCD Mallorca - CF Reus
El Sevilla Atlético, al ser filial, no puede participar en la competición, mientras que el Córdoba quedó exento y avanza hasta la siguiente ronda.
El sorteo de emparejamientos de la tercera eliminatoria tendrá lugar, en la sede federativa de Las Rozas, el próximo 9 de septiembre. EFE.
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