Aunque la Iglesia de San Andrés es actualmente un edificio desacralizado, es decir, ya no está destinado al culto ni es considerado lugar sagrado, mantiene su nombre histórico, su estructura de templo católico y numerosos enterramientos en su interior. Además, desde este edificio parten importantes procesiones de la Semana Santa conquense. Todos estos elementos generan, según el Obispado, confusión y preocupación entre los ciudadanos cuando se autorizan actividades ajenas a la tradición cristiana.
Por ello, el Obispado ha enviado un escrito al alcalde y a la corporación municipal de Cuenca solicitando prudencia y sensibilidad a la hora de autorizar eventos en este inmueble, destacando que la antigua Iglesia de San Andrés no es el lugar idóneo para determinadas actividades y apelando a que se tenga en cuenta su valor histórico y religioso en futuras autorizaciones.
El Obispado espera que esta petición sirva para evitar conflictos y preservar el respeto hacia un edificio que, aunque desacralizado, sigue siendo un símbolo importante de la tradición y cultura de la ciudad.