Según la Agencia Estatal de Meteorología (Aemet), se han acumulado 17,8 litros por metro cuadradro en poco más de media hora, aunque las precipitaciones no cesan desde entonces.
La lluvia, que ha descargado con fuerza a partir de las 19.30 horas, ha dificultado el tránsito de vehículos en algunas de las vías principales, por la gran acumulación de agua en la calzada.
La tormenta también ha provocado que el agua entre en algunos garajes y comunidades de viviendas.
El mal tiempo ha obligado además a cancelar los conciertos previstos para hoy en Estival Cuenca en el Museo de Paleontología (Mupa).
"Lamentamos profundamente las molestias ocasionadas y agradecemos su comprensión", ha indicado en una nota la organización.
Los truenos y relámpagos se han dejado notar durante varias horas en toda la capital en la tormenta más intensa del verano.
En Abia de la Obispalía, según Aemet, se han registrado 16,4 litros por metro cuadrado este sábado.
La tormenta eléctrica también se ha descargado en localidades de la Alcarria como Villaconejos de Trabaque o Albalate de las Nogueras.